No tiene por qué ser por las librerias. Si son estándar no hay que ponerlas.

El problema es que cuando le dices “Compile file” y te sale el make -k tu le das al Enter sin más. Osea, es como si ejecutas make -k en el terminal. El make busca un fichero Makefile, GNUMakefile o makefile en el mismo directorio que ese archivo y ejecuta la regla por defecto (la primera).

Otro posible error es que le des un nombre que no coincide exactamente con el del archivo .c (quitando la extensión). Entonces trata de buscar una regla con ese nombre en el Makefile.

Si el archivo .c es el único fichero fuente del ejecutable el make es suficientemente listo como para construir el ejecutable sin hacer un Makefile, siempre que le digas que quieres hacer un ejecutable con el mismo nombre que el .c (quitando la extensión).

Si tienes que añadir alguna biblioteca, o añadir más archivos fuente al ejecutable no te queda más remedio que hacer un Makefile. Por ejemplo, para añadir la biblioteca libreadline:

# Ejemplo de Makefile
LDLIBS=-lreadline

Si además el ejecutable tiene más de un archivo fuente:

# Ejemplo de Makefile
LDLIBS=-lreadline
ejecutable: ejecutable.o ficheroFuente2.o ficheroFuente3.o

Es muy importante seguir una serie de reglas para que sea fácil hacer el makefile:

• El ejecutable siempre se llama igual que un archivo fuente (salvo por la extensión, que no lleva)
• La regla para construir el ejecutable siempre tiene a continuación del nombre del ejecutable (separado por “:” ) el nombre del fichero objeto correspondiente al archivo fuente del mismo nombre (simplemente sustituye el .c por un .o)
• En los archivos fuente hay que usar extensiones conocidas por make (los ficheros C acaban en .c, los ficheros C++ acaban en .cc, .C, .cxx o .cpp, …)

Si se complica mucho la cosa (muchos subdirectorios, soporte de varias plataformas, bibliotecas dinámicas) te recomiendo automake/autoconf/libtool (receta pendiente?).